清水舊名牛罵頭，原係平埔族(牛罵社Gomach)所在地，因大肚台地西側貌似牛頭而名，1920年在螯峰山麓埤仔口發現清澈湧泉，故名清水。
南下彰化至清水間日治時期大正9年（1920）12月15日通車，北上竹南至清水間大正11年10月11日完工通車，清水站成為客貨運輸之營業據點，鐵路成為往來清水地區的主要交通運輸工具。
昭和10年（1935）4月21日大地震，造成站房倒塌，同年12月重建。
民國90年10月7日，清水站建築經民眾票選，全國第二，入選為臺中縣歷史建築十景之一，92年4月，登錄公告為縣定歷史建築。